Медицина как область практических знаний, высоко ценилась в мусульманском мире. Услугами врачей-иноверцев мусульманские правители пользовались и в Дамаске, и в Багдаде, и в других центрах. Медицинские сочинения переводили особенно охотно. Только от раннего периода известны имена 131 врача, из которых многие выступают как авторы сочинений, цитируемых или сохранившихся в рукописях. Большой популярностью пользовались переводы Галена и Гиппократа (или псевдоэпиграфы под их именами), труды врачей и переводчиков IX в.
Первым крупным ученым, который занимался самостоятельной исследовательской работой и клинической практикой в Рее и Багдаде, был Абу Бакр Мухаммад ибн Закарийа ар-Рази (ум. в 925 г.). Его медицинская энциклопедия «Всеобъемлющий» (ал-Хави) объединяла в себе содержание многих десятков монографий и трактатов античных, византийских, индийских, сирийских, персидских авторов, ровно как опыт врачей Джундишапура и Багдада, а также его собственную практику; ему принадлежит еще ряд монографий. Впоследствии прославились Али ал-Маджуси (X в.), Ибн Джазла, Ибн Бутлан, Ибн Сина (XI в.) и его ученики и комментаторы, Ибн ал-Байтар. Дауд ал-Маусили, Ибн ан-Нафис.
Основные типы медицинских трудов: энциклопедии; трактаты об отдельных болезнях, их симптомах и лечении, об общих свойствах человеческого организма (темпераментах и пр.); алфавитные перечни лекарств и снадобий, трав, мазей; краткие компендии – практические руководства для врачей; руководства по народной медицине, подкрепленные ссылками на пророка.
По зоологии и ветеринарии авторитетными считались труды Гиппократа, Аристотеля и Аполлония Тианского, вероятнее всего – псевдоэпиграфы под их именами, появившиеся еще в эллинистическую эпоху, а также сочинения арабских филологов в жанре тематических словарей; большой материал сведен ал-Джахизом в его семитомной «Книге о животных» и поздней компиляции ад-Дамири с аналогичным названием. Труды по ветеринарии рассматривают в основном вопросы лечения верблюдов и коней. В Ленинградском отделении Института востоковедения АН СССР есть уникальная рукопись трактата ал-Хаджжаджа ибн Хайсамы (конец VIII – начало IX в.) о содержании и лечении охотничьих птиц; она происходит из Каира и датирована 1292 г.
Арабская ботаника тесно связана с фармакогнозией и начинается с перевода труда Диоскорида (I в. н. э.) «О лекарственных средствах», выполненного трижды: в Багдаде в середине IX в., в Кордове спустя столетие и снова в Ираке в XII в. Описания растений с точки зрения их лечебных свойств встречаются в многочисленных медицинских сочинениях. Автором первого ботанико-филологического сочинения был, видимо, Абу Ханифа ад-Динавари (ум. в 895 г.). В том же плане алфавитные перечни растений с их описанием составляли и другие ученые в разные периоды.