В эпоху развитого средневековья в основном завершилось формирование феодального города Средней Азии, во многом отличавшегося от античного. Мусульманская религия внесла существенные коррективы в застройку города, значительно изменив его архитектурный облик. Среди большой массы дворцовых, культовых, торгово-ремесленных и бытовых построек медресе выделялись особо.
Монгольское нашествие нанесло невосполнимый урон духовной культуре, разобщило творческие массы, нарушило преемственность культуры. На многие десятилетия была отброшена развитая со времени Саманидов система высшего образования и науки.
Ибн Батута, побывавший в Бухаре вскоре после его разгрома, писал, что «теперь в городе трудно отыскать даже одного человека, помышлявшего заняться наукой». Другой очевидец монгольского погрома, историк Джувейни, с грустью отмечал: «Все интеллектуалы оказались погребенными, и только у земли следует теперь справляться о ремесле, науке и культуре».
Экономические реформы Мунке кагана, а затем Масудбека, как известно, несколько оживили ремесло, торговлю. Эти же деятели поощряли некоторые точные науки, видя в них практическую пользу. В наметившемся культурном подъеме организующая роль принадлежала медресе – центру творческой и научной мысли. Уже при Масудбеке в Бухаре были возведены два парных медресе, где обучалось по тысяче учащихся.
Как известно, при монголах особое развитие получили Ургенч на западе и Тараз, Кендже, Отрар, Фергана на северо-востоке Средней Азии, а также Тебриз, Исфаган в Иране, где значительного подъема достигла и культура. Ибн Батута посетил в Ургенче медресе и больницу, принадлежащие монголу Кутлу Дамиру. В Басре, Язде, Ширазе, Тебризе, Нишапуре и других подвластных монголам городах он встретил много благоустроенных и хорошо налаженных хозяйств медресе, которые как по своему размеру, так и по составу слушателей не уступали известным медресе Багдада и Дамаска.
На рубеже 70-80-х гг. ХІІІ в. наметились явные признаки постепенного перехода и приобщения завоевателей к городской культуре и просвещению. При монголах и их приемниках заметно увеличился поток учащихся в медресе, которые вместе с преподавателями и служителями составляли политическую силу, внушающую страх правящей династии. К ней нередко обращались при религиозных и политических потрясениях. Наметившиеся еще в саманидскую эпоху общественно-образовательный характер медресе обусловил его отличие от городских культовых построек типа мечети, мавзолея и мусалла в ХІV особенно в ХV в., а также его еще более четкую структурную организацию как основного научно-образовательного центра исследования по всем отраслям традиционной науки, включая математику, астрономию, медицину, философию, богословие и литературу. Примером могут служить медресе Насриддина Туси, научный комплекс Рашид ад-Дина в Руб’-и Рашиди близ Тебриза, медресе и обсерватория Улугбека в Самарканде, архитектурный и научный центр А. Навои в Герате, крупные медресе Бухары, Коканда и Хивы XIX в. Они были университетами своего времени и предвестниками формирования региональных научных школ на их базе. Так, в медресе Насриддина Туси при нараганской обсерватории преподавала большая группа ученых-астрономов во главе с Н. Туси. Занятия проходили факультативно, предпочтение отдавалось светским наукам, таким, как философия, медицина и инженерные науки. Светская наука преобладала над богословской и в знаменитом улугбекском медресе в Самарканде.
Из монгольских ханов первым к проектированию и созданию архитектурных ансамблей, включая медресе, приступил Газан-хан. Особой пышностью отличается архитектурный комплекс «Шоми Тебриз» (Сумерки Тебриза). Организующим центром комплекса был мавзолей Газан-хана, по сторонам которого располагались библиотека «Байтал-кануна», здание обсерватории и два крупных медресе. Управление «Шоми Тебриз» было возложено на Рашид-ад Дина и Саладина Седжи. Медресе брата и преемника Газан-хана Олджайту (1304-1316) в городе Султанийе насчитывало более десяти преподавателей, двадцать репетиторов и более тысячи учащихся.
Большую работу по сооружению культурных объектов проводил и сам Рашид ад-Дин. Его деятельность как мецената науки и литературы общеизвестна. Основанный им обширный научный городок Руб’-и Рашиди в предместье Тебриза является гордостью хорасано-среднеазиатской науки. Оно было делом всей жизни знаменитого везиря хулагуидов. В городке имелось одиннадцать медресе, двадцать четыре караван-сарая, полторы тысячи торговых лавок, тридцать тысяч домов, множество бань, мельниц, шерстоткацкие, бумагоделательные красильные мастерские, а также монетный двор. Городок спланирован и застроен так, что представители каждой науки занимали особый квартал. Например, квартал Хафизов был исключительно заселен чтецами Корана, которых насчитывалось более двухсот человек. В квартале улемов жило около четырехсот улемов и факихов, в квартале талибов – около тысячи весьма одаренных ученых. «Каждый из них, — писал Рашид ад-Дин, — на поприще знания и учености был способен нанести поражение целой армии, и все они являлись звездой на небосводе мудрости».
Обитателями квартала врачей преимущественно были выходцы из Индии, Китая, Египта, Ливана. К каждому ученому были приставлены пять учеников, врачи обучали их искусству лечения разных болезней, хирургии, ремеслу костоправа. В Руб’-и Рашиди одновременно обучались свыше шести тысяч учащихся.
В ХV в. медресе с медицинским уклоном и причастные к изящному искусству функционировали в Герате. В городе было несколько больниц, где врачевали и практиковались профессора и учащиеся медресе. В Далшифои Султони, построенном Шахрухом, и в Шифоия, основанным А. Навои, преподавали искусные врачи эпохи, успешно сочетающие теорию с врачебной практикой.
В конце ХVІІ в. в Бухаре на площади Регистана аштарханид Субхани-Кулихан основал другое медресе – Доралшифо, просуществовавшее до Бухарской революции 1920 г.
Медресе, как правило, пользовались статусом автономии. Ведущей фигурой в нем был мударис – преподаватель, от мировоозрения и знаний которого целиком зависели содержание и идейная направленность занятий.
После монгольского нашествия в основном завершился процесс становления архитектуры медресе, вобравшей в себя многие элементы планировки и архитектуры жилой и дворцовой постройки древнеземледельческой культуры. В процессе длительной эволюции и строительной практики в крупнейших центрах Средней Азии и Хорасана сложился эталон архитектуры медресе. Тип медресе и выбор участка под застройку полностью зависели от общественного и социального положения учредителя. Основателями монументных медресе выступали эмиры, ханы и дворцовые сановники, медресе средней величины и архитектурного достоинства – феодалы, дворцовые чиновники среднего достатка, военные, высшее духовенство. Квартальные медресе, или так называемые мечети-мадраса, учреждали на общем сходе квартальной общины мелкие торговцы, старшины ремесленных цехов и другие категории городских жителей. Такие медресе особо не выделялись в облике городов. Существует также классификация медресе по объему годового дохода и числу худжр.
В Бухаре, Самарканде, Каоканде, Ташкенте, Ходженте престижных медресе было совсем немного, доминировали медресе двух последних типов. Согласно списку, составленному Мирза Мухаммад Шарифом (Садри Зия), из 23 медресе Бухары лишь 3 имеют 100 и более худжр, 22 – 40 и более худжр, 42 – 20 и более худжр, остальные до 20. Из 54 медресе Ходжента лишь 4 были престижными, остальные входили в разряд квартальных. Аналогичное положение наблюдалось и в других культурных центрах Средней Азии.
В рассматриваемый период медресе появились и в степной зоне Средней Азии, в Поволжье, на Урале и в Сибири. В процесс обучения все больше вовлекались кочевые народы, что сыграло огромную роль в становлении письменной литературы и зарождении интелегенции в кочевой среде. В бескрайних просторах казахской степи распростронялись вольные переводы таджико-персидской литературы – «Калила и Димна», «Тутинома», «Лейли и Меджнун», «Юсуф и Зулейха», а также поэма «Рустам и Сухроб».
В XI–XVIII вв. под влиянием древнеземледельческих центров Средней Азии в пограничных с кочевой степью городах Хотан, Кашгар, Баласугун, Узген, Андижан, Ош – на востоке, Чимкент, Туркестан, Чибай, Ташкент – на севере, в оазисах Кашкадарьинской, Сурхандарьинской степи, а также в ряде густо обжитых оазисах Мангышлака, Теджена, Прикопетдага на юго-западе появились первые медресе, в том числе Гоглен-медресе XVIII в. и медресе в Мерве, внешне похожие на кочевую юрту.
Строительство медресе в ХІХ в. связано с миссионерской деятельностью волжских татар. В Семиреченской, Семипалатинской, Тургайской, Павлодарской, Акмолинской, Уральской областях Казахстана, а также в российских городах Чистополе, Оренбурге, Челябинске ими было основано большое количество медресе, архитектура которых мало чем отличалась от казахских жилищ, тогда как архитектура медресе Южного Казахстана и Киргизии (Туркестана, Чимкента, Оша и др.) генетически связана со среднеазиатской.